La desamortización eclesiástica del siglo XIX originó la aparición de la Biblioteca de La Rioja. Situada en la calle de la Merced número 1, en 1852 de la mano de los catedráticos del Instituto de Logroño se realizó la apertura de la organización. En enero de 1983 se trasfiere la gestión a la Comunidad Autónoma de la Rioja.
La entidad es reconocida como órgano bibliotecario central de La Rioja en 1990 por el sistema bibliotecario riojano, asumiendo a su vez las funciones de servicio administrativo de La Rioja en materia bibliotecaria.
